1991年，18岁的三合会会员刘建明（刘德华饰）听从大哥韩琛（曾志伟饰）的指示进入警校学习，成为警方卧底。而同时警校中的另一名学生陈永仁（梁朝伟饰），受警方安排表面上将其强迫退学，实际上则是让他进入三合会当卧底。刘建明从警校毕业后顺利的进入警局，并且职位步步高升，已成为刑事情报科A队的一员，在此期间他利用各种机会为韩琛提供了大量的情报。而陈永仁在这些年以来已经得到了韩琛的初步信任，但由于韩琛的案件始终没有破，他永远只能呆在黑帮，只有黄警督（黄秋生饰）与他单线联系。 2002年的一个晚上，根据陈永仁卧底情报，获知一批毒品即将交易，而交易的一方为韩琛，但由于当时刘建明及时将消息传给了韩琛使其成功逃脱，不过因此双方发现各自的内部俱有“内鬼”，于是一场激烈的角斗由此展开。在最后的结局中，双方“内鬼”都认出了自己的身份，不过刘建明抢先一步，已经将陈永仁在警察局的档案删除，但在删除之前，保留了一个备份，密码是女朋友Mary的生日。经过深思，刘建明决定做一个好人，请求陈永仁给他一次机会，陈永仁没有信，拷上了刘建明。最后陈永仁死在了韩琛的另一个警方卧底枪下，刘建明也杀死了那个开枪的卧底。